护国战争结束后，北京政府中的大总统黎元洪与国务总理段祺瑞的矛盾，导致拥黎的国民党人与拥段的进步党人之间发生“府院之争”。在四川表现为滇军罗佩金与黔军戴戡争权夺利的斗争。刘存厚则寻得段祺瑞的暗中支持，决意驱逐滇、黔军，夺取四川大权。1916年9月13日，北京政府任命护国军第一军参谋长罗佩金暂署四川督军，护国军滇、黔联军右翼军司令戴戡暂署四川省长兼会办军务，川军第二师师长刘存厚为四川陆军军长。

唐继尧、罗佩金企图总揽四川军政大权，戴戡迫罗交出政权，实行军民分治，罗、戴矛盾加深；刘存厚自认为护国战争有功，理应出任省长，对四川大权被滇、黔军所夺极为不满。罗佩金为控制四川，强令裁编川军，戴戡借机与刘存厚相约倒罗，并许事后给刘以会办军务之职，划全川三分之二的县为刘防地。刘存厚此时以段祺瑞为靠山，取得川军第三师师长钟体道的全力支持，又有戴戡暗助，加之川军和川民对滇、黔军深有恶感，遂决定首先对滇军开战。

一、刘、罗成都之战

1917年2月，罗佩金在成都召开裁军会议，宣布裁军方案：将驻川滇军编为国军1师另1旅，驻川黔军编为国军1混成旅另1独立团，而将川军5个师裁编为地方军3师另1旅，滇军各师每连定编120人，川军各师每连定编90人，并裁去特科，只留步兵。会后，刘存厚领衔，周道刚、钟体道、陈泽霈、熊克武等川军五师长联名于3月6日电报北京政府，指控罗佩金“强滇弱川”、“编遣不公”。4月14日，罗下今裁川军第四师为一旅，撤销陈泽霈师长职务，任命第七旅旅长卢师谛为新旅长。15日，罗用武力将该师缴械遣散，并扣押陈泽霈和参谋长周绍芝。刘存厚、罗佩金矛盾激化。

4月18日傍晚，滇军两个连押送所缴川军第四师军械回成都，通过刘部赖心辉炮团所在的西较场防地，被赖团截去，双方发生武装冲突，展开成都巷战。当晚，滇军分三路向刘存厚部进攻：一路由东较场出击，攻北较场刘军师部及文殊院驻军；一路由皇城出击攻将军署赖心辉炮团团部；一路由城外攻西较场炮团驻地。刘部拼死抵抗。19日，双方以皇城为中心，展开激战。滇军为防川军进攻皇城，实行“亮城”，纵火焚烧皇城周围的贡院街、永靖街等处民房。刘借机派兵伪装滇军，伙同地痞流氓越火抢劫。至深夜，火势延至后子门附近，东御河沿街、西御河沿街东二巷、西二巷、九思巷等焚毁殆尽；东、西鹅市巷、东御街西段，西御街东段，三桥北街等地带一片焦土。川滇军死亡数百人，滇军被迫退回原地。

与此同时，驻南充川军第三师钟体道部，于4月中旬率主力东进，阻击滇军增援成都，在资阳一带将滇军顾品珍师击溃，占领资阳，致使罗佩金孤军无援。

4月20日，经省议会和日、法、英三国外交官调解，川、滇军停火。当晚接北京政府电令，免去罗佩金、刘存厚职，改任罗为超威将军，刘为崇威将军；戴戡暂代督军；刘云峰（顾品珍师旅长）为四川陆军第二师师长。21日晨，刘存厚部再次围攻皇城，滇军危急。23日，经再度调停，双方停战撤兵，罗佩金交出督军印信。24日，刘存厚被免职查办。28日，罗佩金率滇军出成都，退驻自流井、富顺一带。刘存厚部除留两个营分驻西较场、北较场外，全部退驻成都北郊凤凰山。

刘、罗成都之战，居民伤亡达1.1 万余人，烧毁民房3000余间，财产损失47万余元。

二、刘、戴成都之战

刘、罗之战后，戴戡一人将督军、省长、会办军务三印全握，并以刘存厚尚在查办为由，拒不履行让刘存厚任会办军务的允诺。刘不满，又有段祺瑞暗中支持，决心以武力驱逐戴戡。此时戴在成都仅有熊其勋一个旅和川人警备部队两团，总计约7000人，刘部在成都附近有1.3万余人，戴戡亦与罗佩金密商，谋滇、黔军合力解决刘部及其他川军。

1917年7月1日，张勋拥清废帝溥仪复辟。3日，任刘存厚为四川巡抚，授三等男爵。4日，刘发出反复辟通电被戴所控电报局扣压。5日晚，戴戡以讨逆为名，派7营黔军强行接管西门、北门城防，并猛攻北较场刘部留守部队。刘军初战失利，放弃北门，合力死守西门。黔军占北门后，在东、西珠市街、鼓楼街、锣锅巷一带放火烧房，趁火抢劫。6日，刘部援军入城发起反攻，黔军败退皇城。撤退中又放火焚烧鼓楼洞至鼓楼北三街、忠烈祠街、会府坝街及任家巷、童子街、红庙子街、冻青树街、玉带桥、白丝街一带民房。戴戡向罗佩金乞援，罗行动迟滞，12日始令滇军分四路分别由资阳、宜宾、自流井等地出发援戴，均被刘部阻击未成。

刘存厚部久攻皇城不下，乃集中大炮40余门猛黔军军械、粮食仓库，致使黔军弹尽粮绝。戴截被迫于16日将督军、省长、会办三印交给省议会，17日率黔军退出成都。刘部在黔军撤退路线预设伏兵。18日，黔军行至仁寿秦皇寺遭刘军伏击，伤亡惨重，戴戡自戕（一说被川军团长廖谦击毙），旅长熊其勋被俘后处斩。

刘、戴成都之战，刘存厚获胜，入川黔军彻底瓦解。成都市民群众深受其害，死伤6000余人，烧毁民房3000余间，数万人无家可归。

三、川南争夺战

罗、戴战败后，唐继尧于1917年7月16日发出通电，组织“靖国军”，自任总司令，派滇军入川，以讨伐刘存厚为名，行控制四川之实。

7月中旬，滇军以罗佩金为总指挥，分三路分别由宜宾、自流井、资中向成都进发。刘存厚部陈洪范旅在荣县一带阻击。滇军攻势猛烈，占领乐山，推进至青神。刘部退至眉山，刘成勋旅从彭山增援。川、滇军在眉山、青神一带展开激战，陈洪范旅乘机反攻乐山，截滇军后路，迫使滇军先后放弃仁寿、键为、乐山，围攻眉山的滇军仓皇撤退。刘部乘胜攻克青神、井研、荣县等地。

罗佩金因指挥失利被撤职，驻川滇军交由顾品珍指挥。滇军大批入川，黄毓成第四军与叶荃第八军抵泸州同赵又新第二军一部合驻；邓泰中、李友勋两旅与赵又新军两旅驻自贡；顾品珍第一军据守简阳、资阳、内江、隆昌一带。黔军第一师王文华部屯集川黔边境，伺机出击。滇、黔军达4万余人。刘存厚第二师联合川军第一、三师，决计与滇军作殊死战。8月下旬，川军第一、二、三师向简阳、资阳顾品珍部发动进攻，滇军退至资中，第三师陈经旅追抵资中，张鹏舞、李挽澜两旅逼近资中、内江；第一师刘湘旅攻占隆昌后向内江逼近。滇军被迫向富顺、自流井退却，川军进占资中、内江。9月12日，顾品珍令金汉鼎旅和一个团向川军反攻，经激烈争夺，于15日中午滇军占据内江。滇军难抵川军连连进攻，于22日分两路撤至泸州和宜宾。11月22日，川军克泸州，28日攻占宜宾，刘存厚等部获胜。